La última portada que publicó el diario Egin es la del 15 de julio de 1998. En ella se informaba sobre la alianza entre el PNV y el PP de Aznar, la crónica sobre los Sanfermines, el 14 de julio en Francia y la comparecencia de Barrionuevo en uno de los juicios celebrados por el terrorismo de Estado de los GAL.
A las cuatro de la madrugada el director del diario, Jabier Salutregi recibía la llamada del juez de instrucción de la Audiencia Nacional, Baltasar Garzón.
La Policía (doscientos agentes) irrumpía en la redacción con una orden judicial firmada por el juez Baltasar Garzón. Años después, en 2009, el Supremo declararía ilícita aquella decisión. Pero lo que pasó, pasó, y por la gravedad de lo sucedido, es importante mantener vivo el recuerdo.
«¿Creen ustedes que no nos íbamos a atrever?» dijo el entonces presidente del Gobierno, José María Aznar, cuando le preguntaron por el cierre de Egin mientras estaba en un viaje oficial en Turquía. En esa declaración dejó claro que la decisión, aparentemente judicial, tenía un marcado tinte político. Aznar lo dejó claro. Y Rubalcaba, entonces en la oposición, consideró aquella decisión como «una metedura de pata»
El ministro de Interior en aquel momento era Jaime Mayor Oreja, y afirmó que esta era «una pieza básica de un entramado muy completo y amplio de la organización terrorista». Precisamente este ministro y su secretario de Estado para la Seguridad, Ricardo Martín Fluxá, recibieron un regalo de parte del exministro Rodolfo Martín Villa: una caja de huevos de la alcarria.
Y es que, era cuestión de huevos, según consideraron algunos, el cierre del periódico. Algo que ya se había planteado durante el gobierno anterior, el de Felipe González. La que fuera entonces secretaria de Estado de Interior en su Ejecutivo afirmó que era una opción que se habían planteado pero que no asumieron porque había muchas dudas sobre su constitucionalidad (refiriéndose al cierre del periódico).
La policía investigó durante años la supuesta vinculación entre el periódico y la banda terrorista ETA. Según la Guardia Civil, Egin realizaba labores de «difusión ideológica» y de comunicación interna de los militantes de la banda terrorista. El primer registro tuvo lugar en 1994. El director, Pepe Rei, fue detenido por orden del juez Carlos Bueren, pero resultó absuelto en 1997.
Será un año después de la absolución de Rei cuando Baltasar Garzón ordene el cierre cautelar del periódico y de la emisora de radio Egin Irratia, así como el arresto de varios responsables de la editorial Orain S.A., acusándoles de integración en banda armada. El juez entonces consideró que la empresa estaba supeditada a las directrices de la banda terrorista ETA.
Rei volvería a ser detenido cuando estaba al frente de la revista Ardi Beltza, acusado de nuevo por fijarle los objetivos a ETA en sus publicaciones. Algo que en 2001 la Audiencia Nacional consideró que no tenía fundamento suficiente, ya que no tenían muy claro aquello de que los terroristas se guiasen por lo que publicase una revista.
Según ha recogido Público, las declaraciones de Jabier recordaban que «primero dieron que ETA nos financiaba a nosotros. Cuando vieron nuestras cuentas, cambiaron de versión y dijeron que éramos nosotros quienes financiábamos a ETA. Como tampoco cuadraba, se inventaron que estábamos en quiebra fraudulenta».
En 1999, en el mes de febrero, el juez extendió por seis meses más la clausura y en agosto autorizó la reapertura del periódico y de la emisora de radio al considerar que la actividad de ETA había desaparecido prácticamente.
Sin embargo en 2003 otro juez de la Audiencia Nacional, Juan del Olmo, decretó el cierre del diario Egunkaria, el único que se editaba en euskera de manera íntegra. Fueron detenidos varios redactores y el director, quienes denunciaron torturas nada más salir de comisaría. España fue condenada por el Tribunal Europeo de Derechos Humanos por no investigar de manera seria estas denuncias de torturas.
Todos ellos fueron absueltos por la Audiencia Nacional en abril de 2010. En aquella sentencia absolutoria, se podía leer una crítica sin precedentes a la teoría del «todo es ETA»: «la estrecha y errónea visión según la cual todo lo que tenga que ver con el euskera y la cultura en esa lengua tiene que estar fomentado y/o controlado» por ETA.
En el momento del cierre Egin contaba con 210 trabajadores, tenía una venta de 52.311 ejemplares diarios y tenía una sede en Hernani, con delegaciones en Vitoria, Pamplona y Bilbao. Pero después de los meses de cierre, la empresa no pudo levantarse y tuvo que cerrar definitivamente.
Tras un año de investigación, la Audiencia Nacional rebajó la acusación que presentaba inicialmente. El director Jabier Salutregi fue condenado a 12 años de prisión por integración en organización terrorista como dirigente, y la subdirectora del diario, Teresa Toda fue condenada a 10 años de prisión. Las condenas se produjeron en el marco del proceso 18/98.
En el año 2009 el Tribunal Supremo dejaría sin efecto el pronunciamiento relativo a la declaración de ilicitud de las actividades y la disolución de las entidades que había acordado la Audiencia Nacional. La operación persiana daba un giro, y se rebajaron las penas de los acusados, se absolvió a varios de ellos y se dejó sin efecto la declaración de ilicitud del cierre y disolución de la empresa editorial, anulando también la liquidación de su patrimonio.
El 29 de octubre de 2015 salía en libertad Jabier, que había sido condenado finalmente a siete años y seis meses por «pertenencia a banda armada». Él siempre sostuvo que únicamente había pertenecido a la redacción de un periódico.
