En el año 2007 la Comisión Europea decidió incoar el procedimiento de investigación formal contra España por el régimen de amortización fiscal en favor de las empresas españolas que adquirieran una participación significativa en empresas extranjeras.
Según la Ley del Impuesto de Sociedades aprobada en 2004 por el gobierno de José María Aznar, cuando una empresa que tributaba en España adquiría una participación superior al 5% en una «sociedad extranjera» y la mantuviera durante un período ininterrumpido mínimo de un año, el fondo de comercio que es consecuencia de dicha adquisición podría deducirse de su base imponible del Impuesto sobre sociedades. Dicha amortización se realizaba en tramos anuales iguales durante los veinte años siguientes a la adquisición.
En 2009 la Comisión Europea decidió declarar incompatible con el mercado interior esas amortizaciones fiscales cuando se aplicaba a adquisiciones de participaciones en sociedades establecidas dentro de la Unión y ordenó a España a que recuperara estas ayudas ilegales. Entre las empresas españolas implicadas se encuentra Banco Santander que recurrió la decisión de la Comisión. El Tribunal de Justicia de la Unión Europea (TJUE) dictaminó en sentencia firme que la decisión de la Comisión era legal y, en consecuencia, España debía recuperar esas ayudas fiscales ilegales de las que se benefició el banco presidido por Ana Patricia Botín.
Sin embargo, el asunto no terminó ahí, puesto que la Comisión, en el año 2011, también determinó que eran ilegales las ayudas fiscales recibidas por la amortización fiscal del fondo de comercio financiero para la adquisición de participaciones extranjeras cuando las empresas estaban ubicadas fuera de la Unión Europea. El Santander volvió a recurrir pero el TJUE determinó la legalidad de la decisión de la UE de que esas ayudas debían devolverse al Estado español.
El gobierno de Mariano Rajoy, ante las decisiones de la Comisión Europea, decidió acudir en ayuda del banco presidido por Ana Patricia Botín. En abril de 2012 comunicaron a la Comisión que la Dirección General de Tributos del Ministerio de Hacienda extendió el ámbito de aplicación del artículo 12 de la Ley del Impuesto de Sociedades con el fin de abarcar con carácter retroactivo la adquisición indirecta de participaciones en empresas no residentes a través de una adquisición directa de participaciones en sociedades holding no residentes. El Tribunal Económico-Administrativo Central confirmó esta nueva interpretación administrativa.
La reacción de la Comisión Europea no se hizo esperar y en julio de 2013 inició un nuevo procedimiento de investigación formal por los efectos de esa nueva interpretación administrativa. Además, la Comisión ordenó a España que suspendiera toda ayuda ilegal derivada de la aplicación de esa reforma. El Santander, evidentemente, apoyó en un escrito de observaciones la interpretación del Estado español.
La Comisión concluyó que la nueva interpretación administrativa aplicada por el gobierno de Rajoy infringía lo dispuesto por el Tratado de Funcionamiento de la Unión Europea (TFUE). Por tanto, la Comisión ordenó a España que pusiera fin a dicho régimen de ayudas y que recuperara las ayudas otorgadas al amparo del mismo.
Esta semana se ha celebrado la vista en el Tribunal General de la Unión Europea. Banco Santander reclama que se anule la decisión de la Comisión porque eso supondría la devolución de varios millones de euros al Estado por, precisamente, recibir ayudas fiscales del Estado español que han sido declaradas ilegales por la Justicia europea. Por otro lado, la Comisión Europea, en base a las pruebas presentadas, indicó que el banco presidido por Ana Patricia Botín había realizado operaciones que entran en el ámbito de aplicación de la decisión impugnada.
